Ha trabajado durante más de 30 años en temas de cambio climático y política ambiental en México. Es un destacado experto en áreas como contaminación del aire, salud ambiental, sustancias tóxicas y ha publicado extensamente sobre estos temas.
Fue director general de Gestión e Información Ambiental (1995-2000) y director general de Contaminación Local, Regional y Global (2001-2004) en la Secretaría de Medio Ambiente (SEMARNAT), así como presidente del Instituto Nacional de Ecología (2005-2011).
A nivel internacional ha presidido comités de alto nivel representando a México, incluyendo comités bilaterales, con la USEPA y el Programa Frontera XXI; y la Comisión trilateral de Cooperación Ambiental. Fue designado vicepresidente para América Latina de la 14ª sesión de la Comisión de Desarrollo Sostenible en Nueva York (2006), y fue representante de México en el IPCC de la ONU (2000-2006). Fue Director Ejecutivo del Instituto Interamericano para la Investigación del Cambio Global (IAI) y ha sido académico visitante en el Banco Interamericano de Desarrollo y en el Instituto de Recursos Mundiales.
El Dr. Fernández asistió a casi 20 reuniones de la Conferencia de las Partes de la CMNUCC, primero como miembro senior de la Delegación de México (2001-2010) y luego en representación de LARCI/ ICM (2011-2018).
Es miembro del Comité Asesor Ambiental de Megalópolis, miembro del Comité Asesor sobre Contaminación del Aire del Alcalde de la Ciudad de México y miembro del Comité Asesor Nacional sobre Cambio Climático.
Tiene una licenciatura en Biología-Ecología de la Universidad Autónoma Metropolitana, una maestría en Tecnología Ambiental y un doctorado en Ciencias Ambientales, ambos de Imperial College, y fue investigador visitante postdoctoral en la Universidad de Harvard.