Entre los principales retos que enfrentan estas áreas de conservación, que limitan su permanencia a largo plazo, están: la falta de continuidad de los apoyos e incentivos públicos; el crecimiento poblacional en zonas rurales, que incrementa las presiones sobre los ecosistemas; y la insuficiencia de capacidades financieras y técnicas de los propietarios para una gestión adecuada. 

Estudios han detectado que la toma de decisiones es también un desafío porque éstas recaen en quienes poseen los territorios, en diálogo y negociación con instituciones como la CONANP y otras organizaciones. Estos procesos están atravesados tanto por relaciones sociales y culturales propias de las comunidades, como por relaciones de poder, intereses diversos o conflictos territoriales.

A pesar de este contexto, para ser sostenibles en el tiempo, las ADVC deben transitar a un modelo que sea redituable para sus propietarios. Esto implica no sólo cubrir los costos de manejo y conservación, sino también generar incentivos económicos y sociales. En este sentido, es fundamental desarrollar planes de financiamiento que articulen mecanismos autogenerados –como la agricultura sostenible, el ecoturismo o el aprovechamiento forestal– con fuentes externas, tanto públicas como privadas. 

La diversificación de ingresos y el fortalecimiento de capacidades locales son clave para reducir la dependencia de apoyos temporales y asegurar su continuidad. De lo contrario, la certificación corre el riesgo de convertirse en un reconocimiento meramente formal, sin garantizar la conservación efectiva a largo plazo.